東莞水處理設備的原水罐一般都是不銹鋼材質的，自來水中原本就會加過氯進行消毒，若機器長時間不使用時間超過1個月就要將原水箱里面的水放干。比較常見的消毒藥品有漂白粉、次氯酸鈉溶液。

對東莞水處理設備的原水罐進行消毒主要是清除原水灌里的微生物細菌。配好消毒水以后將原水罐里的水放干，對內壁進行噴霧消毒，內壁要全部噴到。然后再用自來水沖洗干凈即可，這期間產生的臟水一定要排入下水道。

一般來說二級RO膜以及過濾器、管道、原水罐等都不需要消毒，但要進行定期的清洗與更換。
夜間停機時用自來水對石英砂過濾器以及活性炭過濾器進行反洗。

精濾器要進行每周排水一次，精濾器內的PP濾芯，要每隔1到3個月清洗一次，可以拆卸擰下外殼以取出濾芯，用水沖洗干凈以后再重新安裝上就可。一般會建議半年更換一次。砂濾器或是碳濾器里的石英砂或活性炭，建議一年或半年徹底清洗更換一次。

如果不是因為溫度和壓力的因素而引起產水量逐漸減少或是水質逐漸下降超標，則說明反滲透膜需要進行清洗了。

東莞水處理設備的原水罐的進水管應當設置三通，進水時要先目測水質，避免因為城市供水管污染，而使臟水進入原水罐。